
BTR-90 có vỏ kín làm bằng thép hàn. Vỏ xe được thiết kế dựa trên các kinh nghiệm rút ra từ các cuộc xung đột trên thế giới đối với loại APC. Động cơ nằm ở cuối xe, khoang lính nằm ở giữa. Xạ thủ và trưởng xe được thiết kế vị trí ở tháp pháo, còn lái xe và 7 người lính thì ở giữa xe. Trưởng xe có nhiệm vụ chọn lựa mục tiêu và theo dõi, khi cần thiết có thể trực tiếp điều khiển vũ khí. Binh sĩ trong xe có thể sử dụng cửa trên nóc xe và các lỗ châu mai hai bên thành xe để yểm trợ hỏa lực, cũng tốt như họ sử dụng 2 cái cửa bên hông xe để làm việc đó, kể cả khi xe đang di chuyển.
Cơ cấu vũ khí được đặt trên một cái tháp pháo xoay. Nó bao gồm một khẩu súng 30mm 2A42, một khẩu PKT 7.62mm đồng trục và một khẩu phóng lựa AG-17 30mm. Tháp pháo còn có thể lắp thêm hệ thống ATGM để tăng cường năng lực chống tăng. Thiết bị phóng tích hợp này cũng cho phép bắn tên lửa chống tăng từ mặt đất